Los Hombres de Negro siempre han protegido a la Tierra de la escoria del universo. Ahora deben abordar su mayor amenaza hasta la fecha: un infiltrado dentro de la organización.

El robot Número Cinco, más conocido como Johnny Cinco, sale muy animado en busca de un poco de "input urbano", pero unos pandilleros, un banquero codicioso y una banda de rateros ven en su ingenuidad un billete de alta tecnología hacia una vida resuelta.

Hay problemas en Bikini Bottom: la corona del Rey Neptuno ha desaparecido y las sospechas recaen en el Sr. Krabs. Junto a Patrick, su mejor amigo, Bob Esponja marcha a la peligrosa Ciudad de Shell para rescatar la corona de Neptuno y salvar al Sr. Krabs.

Durante muchos años los extraterrestres han vivido en la Tierra, mezclados con los humanos, sin que nadie lo supiese. Los Hombres de Negro son unos agentes, pertenecientes a una asociación altamente secreta del gobierno, encargados de controlar a los alienígenas. Ahora dos de estos agentes, uno veterano y otro recién incorporado, y que tienen como misión vigilar a los alienígenas que habitan en la ciudad de Nueva York, descubren a un terrorista galáctico que pretende acabar con la humanidad.

Una fábrica de robots construye con fines pacíficos un sofisticado modelo, pero sus responsables deciden que puede servir también para la guerra. Durante la presentación del invento, un rayo afecta al número 5 que, a partir de ese momento, deja de ser una máquina militar. El robot se escapa y, en su huida, se encuentra con una chica que, tomándolo por un extraterrestre, se lo lleva a su casa.